Фамилия Кочубенко — яркий пример того, как украинская модель образования фамилий «нанизывается» на тюркскую или старорусскую основу. Если смотреть на суффикс, то -енко — это классический украинский патроним (указание на потомка, сына). Вся фамилия буквально значит «маленький Кочубей» или «сын Кочубея». То есть, предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком по имени или прозвищу Кочубей.

Сложность и интерес кроются в корне «Кочуб-». Здесь нет единого мнения, и это тот случай, когда правдоподобнее всего выглядит тюркская версия. Слово «кёчюбей» (или «кёчю» + «бей») в тюркских языках означает «младший бей» или «князёк», «маленький господин». Это могло быть прозвище невысокого, но влиятельного человека, либо младшего сына в семье знатного рода. В пользу этой версии говорит и знаменитая фамилия Кочубей, которую носил украинский казацкий старшина, генеральный писарь Войска Запорожского. Его род восходил к крымско-татарскому мурзе Кучук-бею, что лингвистически полностью совпадает с этой гипотезой.

Есть и менее вероятная, но упоминаемая в бытовой этимологии версия — от старорусского диалектного слова «кочуба» (кочка, бугор) или от «кочура» (крючковатый, согнутый человек). Однако фамилия Кочубенко практически не встречается в северных русских говорах, где эти слова были в ходу, а массово фиксируется на Левобережной Украине и в южных регионах России, куда переселялись украинцы. Поэтому связь с казачеством и тюркским прозвищем выглядит гораздо убедительнее.

Географически фамилия Кочубенко — южная, украинская. В реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах Полтавской, Черниговской, Харьковской губерний она встречается регулярно, хотя и не так часто, как, скажем, Шевченко или Ткаченко. Это говорит о том, что основатель рода был не безземельным крестьянином, а, вероятно, казаком или мещанином, имевшим отношение к казацкой старшине (раз уж взял такую «громкую» основу для прозвища). Сословно носители фамилии в XVIII-XIX веках были в основном казаками и государственными крестьянами, реже — мещанами.

Что касается ударения, то в русском языке его чаще ставят на второй слог (Кочубéнко), что соответствует украинской норме произношения фамилий на -енко. В среде самих носителей возможны варианты, но исходная модель тяготеет к ударению на корень «Кочуб-» или на суффикс, в зависимости от местного говора.

В итоге, Кочубенко — это фамилия-индикатор: она сразу указывает на украинское происхождение и на то, что предок, скорее всего, носил прозвище, связанное с тюркским титулом «маленький господин», и имел отношение к казацкой среде.