Фамилия Кадуйский — один из тех случаев, когда географическое происхождение почти не вызывает споров. В основе лежит название посёлка городского типа Кадуй в Вологодской области. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем из этих мест или владел там землёй. Модель образования типична для «географических» фамилий: суффикс -ский указывал на принадлежность к местности или на происхождение из неё. Такую фамилию мог получить как дворянин, которому дали именование по его вотчине, так и крестьянин, переселившийся в другую губернию и записанный как «Кадуйский» — то есть «тот, кто из Кадуя».

Интересно, что название самого Кадуя имеет финно-угорские корни: в вепсском языке «kad’u» означает «можжевельник». Таким образом, фамилия Кадуйский в конечном счёте восходит к названию можжевелового места или речки. Это роднит её с другими северными фамилиями, образованными от местных гидронимов или топонимов неславянского происхождения.

Однако стоит учитывать, что фамилия могла возникнуть и не напрямую от Кадуя. В русском языке существовало прозвище Кадуй, возможно, связанное с диалектным словом «кадуй» — так в некоторых говорах называли кадушку, бочонок. Прозвище могли дать бондарю или человеку коренастого телосложения. Но эта версия менее вероятна: фамилия на -ский редко образуется от прозвищ, обозначающих профессию или внешность, — для этого обычно брали суффиксы -ов или -ин.

Фамилия редкая, за пределами Вологодчины почти не встречается. В дореволюционных источниках её носители — в основном крестьяне и мещане северных губерний. Дворянский род Кадуйских не зафиксирован, так что именование по вотчине если и имело место, то относилось к мелкопоместным землевладельцам, не попавшим в родословные книги.