Фамилия Каекбердин — редкий пример, где в основе лежит не славянское, а тюркское имя, переработанное русской фамильной моделью. Разбираем её по частям.

Корень «Каекберд-» восходит к мужскому личному имени Каекберды. В тюркских языках (особенно башкирском, татарском, казахском) «берды» означает «дал, даровал». Первая часть «Каек» — спорная. Скорее всего, это вариант имени Гаек (от арабского «гаип» — «скрытый, невидимый»), но возможна и связь с тюркским «кайык» — «челнок, лодка». В любом случае, имя Каекберды переводится как «Бог (или судьба) даровал скрытого (или лодочника?)» — типичная для кочевых народов формула благодарности за рождение сына.

Суффикс «-ин» указывает на русскую модель образования фамилий от основ на -а/-я. В XVI–XIX веках, когда башкиры и татары входили в состав Российского государства, их имена и прозвища часто русифицировали: к тюркской основе добавляли русский патронимический суффикс. Так Каекберда становился Каекбердиным — «сын Каекберды».

Географически фамилия почти наверняка привязана к южному Уралу или Зауралью — районам расселения башкир и части татар. В метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний конца XIX века встречаются записи о Каекбердиных в башкирских деревнях. Дворянского сословия у этой фамилии не было: её носители — скорее рядовые скотоводы или земледельцы, получившие фамилию при переписях.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бердиев, Бердин, Каеков) показывает, что Каекбердин — двусоставное имя, которое не сократилось до одного корня. Это говорит о том, что имя Каекберды было достаточно устойчивым и не превратилось в прозвище. Встречается вариант написания через «а» — Каекбардин, но он менее точен: вторая часть имени восходит именно к «берды», а не к «бар» (есть).