Фамилия Каекин — редкий случай, когда основа настолько затемнена, что даже суффикс не даёт однозначной подсказки. Формально перед нами типичная отчество на -ин, которое образуется от имён или прозвищ на -а/-я: Каека → сын Каеки → Каекин. Но кто такой «Каека»? В русском языке это слово не встречается ни как имя, ни как нарицательное. Приходится искать альтернативные пути.

Самая вероятная версия — иноязычное происхождение основы. Фамилия могла возникнуть в среде тюркских народов Поволжья или Сибири, где основа «кай» или «кае» означает «скала», «утёс» или «твёрдый». В татарском, башкирском и чувашском языках есть слова, близкие по звучанию: «кайа» (скала), «кайак» (лыжи — от «кай» в значении «скользить»). Тогда «Каека» — это прозвище человека, жившего у скалы, либо, что реже, мастера по изготовлению лыж. Русский суффикс -ин наложился на тюркскую основу, что типично для фамилий, возникших на стыке культур.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с диалектным русским словом «кайка» или «каечка». В некоторых говорах так называли лодку-долблёнку (от финно-угорского «кайкка» — лодка). Прозвище Каека могли дать рыбаку или лодочнику. Однако эта гипотеза слабее: в центральных областях России лодку чаще называли «каяк» или «кайка» с одним «к», а фамилия пишется именно через «е» — Каекин, что ближе к тюркскому произношению.

География фамилии тоже подтверждает тюркскую версию. Каекины встречаются в Удмуртии, Татарстане, Башкортостане, а также в Кировской области — регионах, где исторически жили финно-угры и тюрки, активно контактировавшие с русскими. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян Вятской губернии. Ни дворянских родов, ни известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого сельского люда, сохранившая память о географическом или профессиональном прозвище предка.