Фамилия Качкин образована от прозвища Качка с помощью типичного русского суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Качкин, то есть сын или потомок Качки. Ключевой вопрос — что означало само прозвище.

Самая надёжная версия ведёт к глаголу «качкать», который в вологодских и пермских говорах имел значение «мямлить, говорить переминаясь, невнятно, косноязычно», а также «делать что-либо дурно, как ни попало, без толку». Прозвище Качка, таким образом, могло закрепиться за человеком невнятной речи или за тем, кто работал спустя рукава. Это бытовая, живая характеристика, каких много в северорусской антропонимии.

Менее правдоподобный вариант связывает фамилию с существительным «качка» — «утка» у южных и западных славян. Эта параллель возможна, но для русской фамилии маловероятна: в русских говорах слово «качка» в значении «утка» не было распространено, и прозвищный фонд опирался на местную лексику. Поэтому версия с вологодско-пермским глаголом выглядит убедительнее.

Фамилия Качкин — типичный пример того, как прозвище, данное по особенности речи или поведения, превратилось в родовое имя. Суффикс -ин указывает на патронимическую модель: так образовывали фамилии от основ на -а/-я. Встречается она преимущественно на севере и северо-востоке европейской части России — в тех же краях, где бытовал глагол «качкать».