Фамилия Качкин образована от прозвища Качка. В вологодских и пермских говорах глагол «качкать» означал «мямлить, говорить невнятно, косноязычно» или «делать что-либо дурно, как ни попало, без толку». Скорее всего, прозвище Качка закрепилось за человеком с невнятной речью или небрежного в работе. Это первая и основная версия происхождения фамилии.

Существует и другая гипотеза: у южных и западных славян «качка» — это утка. Но эта версия менее правдоподобна для фамилии Качкин в русском контексте, так как прозвище по птице обычно давали по другим моделям (например, Уткин, Селезнёв). В северных русских говорах, где фамилия встречается чаще, связь с «уткой» маловероятна.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Качкин — «сын Качки» или «человек из рода Качки». Такая модель типична для прозвищ, заканчивающихся на -а или -я. Фамилия закрепилась в среде крестьян и посадских людей, где личное прозвище легко переходило в наследственное имя.

Точное время и место возникновения фамилии Качкин назвать сложно. Она могла появиться в разных регионах независимо, но её северное диалектное происхождение — наиболее надёжная зацепка для генеалогического поиска.