Фамилия Качкинова — редкий случай, когда в основе лежит не имя или профессия, а звукоподражательное слово, описывающее характерную походку или манеру поведения.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища Качка. В русских говорах «качка» означала «утка» (от звукоподражательного «кач-кач»). Прозвище могли дать человеку, который ходил вразвалку, переваливаясь с ноги на ногу, как утка. Реже «качкой» называли капризного, неуравновешенного человека — от глагола «качать» в переносном смысле «колебаться, быть непостоянным».

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Качкинов, то есть сын или потомок Качки. Окончание -а в исходном прозвище (Качка) типично для русских прозвищных фамилий, перешедших в форму притяжательного прилагательного.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с украинским или белорусским словом «качка» в значении «качели» — такое прозвище мог получить любитель покачаться или мастер по изготовлению качелей. Однако для центральнорусского ареала, где фамилия встречается чаще, основным остаётся «утиное» значение.

Географически фамилия Качкинова распространена в Поволжье и на Урале, что подтверждает её связь с севернорусскими и среднерусскими говорами, где слово «качка» в значении «утка» было особенно употребительно. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении прозвища.

Таким образом, предок современных Качкиновых, скорее всего, получил прозвище за манеру ходьбы или за неустойчивый характер, а фамилия закрепилась за его потомками в форме, указывающей на прямое родство.