Фамилия Качкинов — редкий случай, когда прозвище почти наверняка перешло в фамилию без участия крестильного имени. Основа здесь — «качка» или «качок», но не в современном смысле «накачанных мышц», а в старом русском значении.

Слово «качка» в диалектах означало утку, селезня, а также качалку, зыбку (колыбель) или просто что-то шаткое, неустойчивое. Но в основе прозвища, скорее всего, лежит не птица и не предмет, а походка или поведение. «Качкой» в народе называли человека, который ходит вразвалку, переваливается с боку на бок, как утка, или того, кто постоянно покачивается, сутулится, не держит спину ровно. Прозвище давали по характерной, бросающейся в глаза походке — именно такие приметы в деревне закреплялись за человеком на всю жизнь.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Качкина. Это типичная модель русских фамилий от прозвищ на -а/-я (Качка → Качкин → Качкинов). Двойной суффикс «-ин-ов» — не редкость: он мог возникнуть, когда к уже готовой фамилии Качкин добавили патронимический суффикс -ов для большей формальности, либо когда глава семьи звался Качкой, его сына в документах записали Качкиным, а внука уже — Качкиновым, по деду.

Версия с тюркским корнем (от «качкын» — беглец, перебежчик) маловероятна для центральной России, хотя полностью исключать её нельзя в зонах смешанного русско-татарского населения. Но русская основа — «качка» в значении «утиная походка» — лежит на поверхности и не требует натяжек.

Фамилия редкая, распространена спорадически. Встречается в Поволжье и на Урале, где была высока плотность старообрядческого населения, любившего цепкие бытовые прозвища. Сословного барьера у фамилии не было: Качкиновыми могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы — прозвище не унизительное, а описательное.