Фамилия Каенецкая — яркий пример того, как географическое название может стать родовым именем. Её основа, скорее всего, восходит к топониму Каенец или Каенка. Такие названия нередки в зонах смешанных лесов и лесостепи: слово «каен» по-татарски и по-башкирски означает «берёза». Таким образом, исходное название могло обозначать «берёзовое место», «берёзовый лог» или поселение при нём.

Модель образования фамилии — типичная для дворянских и польско-шляхетских фамилий на -ский/-цкий. Суффикс -цк- (вместо -ск-) указывает, что основа оканчивалась на твёрдый согласный или -ец: Каенец + -к(а) + -ий. Такие фамилии в старину получали владельцы поместий или выходцы из конкретного села. Поэтому первый носитель фамилии Каенецкая мог быть помещиком, которому принадлежало имение Каенец, либо просто человеком, переселившимся оттуда.

В польской ономастике фамилии с подобным окончанием часто указывают на происхождение из шляхты (мелкопоместного дворянства). Однако в русской среде фамилии на -ский нередко давали и духовенству, и выходцам из мещан, если те получали фамилию по месту рождения. Спор между «берёзовым» татарским корнем и чисто славянским «Каенец» (возможно, от «каять» или диалектного «каен» — плакса) решается в пользу первого варианта: слишком много топонимов «Каенка» и «Каен» в Поволжье и Приуралье, чтобы считать это случайностью.

Женская форма Каенецкая говорит о том, что фамилия передавалась по женской линии или же так записана дочь/жена Каенецкого. Мужской вариант — Каенецкий. Встречается фамилия преимущественно в центральной России и в регионах с татарским и башкирским населением, что косвенно подтверждает тюркскую основу. Других версий, например, от личного имени или прозвища, нет: корень слишком конкретен и привязан к карте.