Фамилия Кагдина — редкий случай, когда написание через «а» в корне почти наверняка указывает на диалектное или искажённое произношение, а не на исходную форму. Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии Когдина, которая, в свою очередь, образована от прозвища Когда. В южнорусских и украинских говорах слово «когда» произносили как «когды» — отсюда и прозвище человека, который часто задавал вопрос «когда?» или, напротив, отвечал на него уклончиво. Так могли прозвать медлительного, нерешительного человека, который всё откладывал на потом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кагдин, то есть сын или потомок Кагды. В русской ономастике это стандартная модель для фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а. Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «кагды» (крепкий, твёрдый), однако для этого нет устойчивой этимологической цепочки, и фамилия не встречается в ареалах активных тюркско-славянских контактов.

Географически фамилия Кагдина тяготеет к регионам, где было распространено «аканье» — то есть к центральным и южным областям России. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях. В дореволюционных источниках могла писаться через «о» — Когдина, но со временем написание закрепилось в том виде, в каком её слышали писаря. Сословная принадлежность носителей не прослеживается: фамилия не даёт оснований причислять предков к дворянству или духовенству. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках, когда прозвища начали массово закрепляться как наследственные.