Фамилия Каиркенова — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа явно не славянская, а тюркская или арабо-тюркская, что сразу выдаёт географию и этническое происхождение носителей. Скорее всего, перед нами фамилия, типичная для народов Поволжья, Урала или Центральной Азии — татар, башкир, казахов или народов Кавказа, где распространены имена и прозвища с корнем «Каир».

Главная сложность — в разборе корня. В тюркских языках слово «каир» (или «кайыр») имеет несколько значений: «благодеяние», «добро», «милость» (от арабского «хайр» — благо). В казахском и башкирском «кайыр» — это также «польза», «доброе дело». Соответственно, основа «Каир-» могла быть частью личного имени Каиркен (где «-кен» — уменьшительно-ласкательный суффикс в тюркских языках, придающий значение «дорогой», «милый»). Таким образом, имя Каиркен буквально означало «милое благо» или «дорогой как добро» — типичное для тюркской традиции имя-пожелание, которое давали ребёнку, надеясь на его добрую судьбу.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Каиркен» добавили патронимический суффикс «-ов» (женский вариант «-ова»). Это стандартный способ русификации тюркских имён в XIX–XX веках, когда при переписях и выдаче паспортов нехристианским народам давали фамилии по отцу. Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: «дочь Каиркена». Если бы фамилия сохранилась в исконной тюркской форме, она могла бы звучать как Каиркенова или Каиркенкызы, но русская администрация закрепила привычный формат с суффиксом.

Необычность фамилии в том, что она почти не встречается за пределами нескольких регионов. По данным открытых баз, наибольшая концентрация носителей фамилии Каиркенова — в Казахстане и среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается она и у татар, но реже. Второй, менее вероятный вариант происхождения — от тюркского «кайыр» в значении «крутой берег» или «обрыв» (кайыр — овраг, крутой склон). В этом случае прозвище Каиркен мог получить человек, живший у обрыва или на возвышенности. Но этот вариант слабее: имя-прозвище по ландшафту редко получало уменьшительный суффикс «-кен», обычно такие прозвища были прямыми (Каир, Кайыр).

Фамилия Каиркенова — не дворянская и не крестьянская в классическом русском понимании. Она относится к позднему пласту фамилий, которые появились в среде кочевых и полукочевых народов после введения всеобщей паспортизации в СССР. Предки носителей, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а само имя Каиркен передавалось по мужской линии как родовое прозвище. Сегодня фамилия остаётся редкой: в России её носят не более нескольких сотен человек, и она не имеет широко известных исторических фигур.