Фамилия Какакахин звучит настолько необычно, что первая мысль — перед нами позднее искажение или шуточное прозвище. Однако за этим сочетанием слогов стоит вполне конкретная, хоть и редкая, словообразовательная модель.

Основа фамилии — «какакаха». В русских говорах это слово могло быть экспрессивным прозвищем. Скорее всего, его образовали от глагола «какать» (в детской речи или диалектах — пачкать, марать) с помощью редкого удвоения слога для усиления звучания. Суффикс «-ах-» в прозвищах («Какакаха») характерен для севернорусских и сибирских говоров, где так образовывали имена-характеристики: Грязнуха, Растеряха. Фамильный суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «сын Какакахи».

Вероятнее всего, прозвище Какакаха дали человеку неопрятному, неряшливому или тому, кто постоянно пачкался в работе (например, печнику, сапожнику, гончару). В крестьянской среде такие прозвища были обычным делом — они не несли оскорбления, а служили бытовой меткой. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «кака» (старший брат, дядя) — тогда фамилия могла бы означать «сын старшего брата», но для этого не хватает типичных тюркских формантов.

Фамилия крайне редкая. Встречается в единичных записях, в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её русское, а не инородное происхождение. Вариантов написания, кроме «Какакахин», практически нет — фамилия настолько специфична, что её не успели адаптировать под разные говоры.