Фамилия Какуберия образована от прозвища Какубери. Вероятно, оно состоит из двух основ: «каку» и «бери». Первый корень, скорее всего, восходит к абхазскому прилагательному «кьакьа», которое в переводе на русский язык имеет значение «твердый, крепкий» или «грубый, бесчувственный». Вторая основа «бери», предположительно, восходит к грузинскому языку и переводится как «старец, старшина». Таким образом, дословно трактовать прозвище Какубери можно как крепкий или бесчувственный старик. Исходя из этого, можно сделать вывод, что данное прозвище указывало на особенности характера основателя рода.