Фамилия Какуберия — редкий случай, когда в одной основе соединились два разных кавказских языка. Скорее всего, её ядро — прозвище Какубери, которое разбирается на две части: «каку» и «бери».

Первый корень, «каку», ономасты возводят к абхазскому прилагательному «кьакьа». У этого слова два смысловых слоя: «твёрдый, крепкий» или, в переносном значении, «грубый, бесчувственный». Второй корень, «бери», — уже из грузинского, где означает «старец, старшина». Получается составное прозвище, которое можно прочитать как «крепкий старец» или «бесчувственный старец». Вероятнее всего, прозвище дали по характеру: либо за непоколебимость и силу духа, либо за суровость.

Сама фамилия образована по грузинской модели: к основе Какубери добавили типичный суффикс принадлежности -я (в грузинском это окончание -ია, -иа). Такая модель широко распространена в Западной Грузии, особенно в Мегрелии и Гурии. Фамилии на -иа указывают на происхождение от конкретного лица: Какуберия — буквально «принадлежащий Какубери» или «из рода Какубери».

Интересная деталь: двойное происхождение корней выдаёт не чисто грузинскую, а смешанную, абхазо-грузинскую среду. Такие фамилии чаще всего встречаются в исторической Абхазии и приграничных районах, где веками жили бок о бок абхазы и грузины-мегрелы. Предок-основатель, скорее всего, жил именно в этой пограничной зоне, и его прозвище зафиксировало двуязычный быт региона.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия Какуберия не даёт прямых указаний на дворянство или крестьянство. В Грузии фамилии на -иа носили и князья (например, Дадиани, Гуриели — но там другая модель), и простые крестьяне. Поэтому по одной фамилии род занятий предков определить невозможно: это мог быть и сельский староста (если опираться на значение «старшина»), и обычный земледелец с твёрдым характером.