Фамилия Какушкина звучит обманчиво просто: кажется, что она произошла от слова «кукушка», но это не так. В русском языке нет безударного перехода «у» в «а» в корне, поэтому «Какушк-» не является фонетическим вариантом «Кукушк-». Основа здесь другая, и чтобы её понять, нужно смотреть на суффиксальную модель.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Значит, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Какушка. А оно, в свою очередь, — уменьшительно-ласкательная форма от древнерусского имени или прозвища Кака. Звучит неожиданно, но в старорусском языке слово «кака» (или «како») имело значение «грязь», «нечистота», а также «кал». В словаре древнерусского языка это слово фиксируется. Прозвище Кака могли дать неряшливому человеку или, по распространённой традиции «обережных» имён, ребёнку, чтобы отвадить от него нечистую силу: назвали плохим, чтобы вырос хорошим.

Таким образом, цепочка проста: Кака → Какушка (с уменьшительным суффиксом -ушк-) → Какушкин (сын Какушки) → Какушкина. Фамилия относится к типичным «патронимическим» (по отцу) и не указывает на сословие: её могли носить и крестьяне, и мещане. Географически она редкая, встречается в основном в центральных областях России, но не имеет ярко выраженного «гнезда» в одном уезде.

В ономастике фамилия Какушкина интересна тем, что её корень почти исчез из живого языка, но сохранился в фамилии. Это пример того, как бытовое, непечатное с современной точки зрения слово закрепилось в качестве родового имени и потеряло первоначальную грубость. Сравните с фамилиями Говядин, Соплин, Гнилозубов — та же логика: прозвище по недостатку или неприятному качеству, которое со временем стало просто фамилией.