Фамилия Какузина — женская форма фамилии Какузин, и ключ к её происхождению лежит в разборе основы «Какуз». Это редкая и неочевидная фамилия, которая почти наверняка имеет прозвищное происхождение, а не образована от крестильного имени. Сразу отбросим версию о связи с «какао» или «какаду» — это современные ассоциации, которые не имеют отношения к русской ономастике XVIII–XIX веков.

Самая вероятная версия: прозвище Какузя (или Какуз) дали человеку с необычной манерой речи. В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, слово «какузить» (или «какузничать») означало «говорить невнятно, картавить, шепелявить». В словаре Владимира Даля есть глагол «какузить» именно с таким значением — «говорить нечисто, неясно». Прозвища по дефектам речи были распространены: Шептун, Заика, Шепель, Картавый. Какузя — ласкательно-пренебрежительная форма, которая закрепилась за человеком, чью речь было трудно разобрать.

Суффикс -ин в фамилии Какузин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Какузи, то есть потомок человека с таким прозвищем. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а/-я: Какузя → Какузин. Аналогично: Гуля → Гуляев, Заика → Заикин, Шепель → Шепелев.

Географически фамилия редкая и встречается точечно, преимущественно в центральной России и Поволжье. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии Какузины фиксировались в крестьянской среде. Это не дворянская и не купеческая фамилия — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по уличному прозвищу предка.

Альтернативная, но менее убедительная версия: основа «какуз» могла быть искажением тюркского слова «какус» или «какуз», означающего «упрямый», «своенравный». Однако для этой гипотезы нет надёжных диалектных подтверждений в русском языке, тогда как версия с «какузить» опирается на прямые словарные данные. Поэтому прозвище по невнятной речи остаётся основным объяснением.