Фамилия Каланцер — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение неочевидно, и здесь приходится выбирать между несколькими версиями, ни одна из которых не лежит на поверхности.

Самое вероятное объяснение — немецкие или еврейские (ашкеназские) корни. В немецком языке есть слово «Kalanzer» или «Kalanzerer» — так в некоторых диалектах называли переписчика или каллиграфа, от латинского «calamus» (тростниковое перо для письма). Фамилия могла закрепиться за человеком, который занимался перепиской книг или документов. Подобные фамилии встречались у канцелярских служащих в немецких землях и в среде еврейских писцов (софрим). В пользу этой версии говорит и характерное окончание «-ер», типичное для немецких профессиональных прозвищ (ср. Мюллер — мельник, Шнайдер — портной).

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. В Польше есть деревня Каланцево (Kalanczewo), а в Литве — местечко Каланце (Kalantė). Переселенцы из этих мест, попав в Российскую империю, могли получить фамилию по месту выхода. Тогда суффикс «-ер» — это адаптация под польский или немецкий лад, а корень, возможно, связан с литовским «kalnas» (гора) или балтским «kalanč» (камень).

Третья, менее убедительная версия — искусственное происхождение. В XIX веке при присвоении фамилий еврейскому населению черты оседлости чиновники нередко давали «благозвучные» фамилии от случайных слов. Каланцер могло быть образовано от идишского «каланце» (колонна, столб) или от названия растения «каланхоэ» (хотя это маловероятно из-за времени появления растения в Европе).

Что касается географии, фамилия встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает скорее немецкое или польско-литовское происхождение. В дореволюционных метрических книгах Каланцеры фиксировались среди мещан и ремесленников, реже — среди купцов. Дворянских родов с такой фамилией не известно.

Словообразовательная модель проста: основа «каланц-» + типичный формант «-ер». В русском языке фамилия не склоняется по падежам как иноязычная (Каланцер, Каланцеру, о Каланцер), хотя в бытовой речи иногда склоняют мужской вариант. Ударение, судя по аналогиям (каллиграф), падает на второй слог — Кала́нцер, но в ряде регионов фиксируют ударение на последний слог — Каланце́р.