Фамилия Каланцур — редкая и звучная, её происхождение почти наверняка связано с украинским или южнорусским говором. В основе лежит прозвище Каланцур, которое, скорее всего, образовано от диалектного слова «каланцу́р» — так в некоторых областях называли неуклюжего, неловкого или нескладного человека (ср. с «каланча» — высокий и худой, или «каланчиться» — суетиться без толку). Вторая часть «-цур» могла быть усилительным или пренебрежительным суффиксом, характерным для юго-западных говоров. Таким образом, первый носитель фамилии получил её как уличное прозвище за манеру поведения или внешность.

Суффикса в фамилии нет — она застыла в форме чистого прозвища (так называемые «фамилии без форманта»). В русской ономастике это редкий тип: обычно такие фамилии давали в казачьей среде или на западе Украины, где фамилии могли закрепляться без типичных -ов/-ев, -ин, -ский. Например, в реестрах запорожских казаков встречаются похожие по звучанию прозвища — Калантай, Каланча, Калантар. Вероятно, Каланцур — их родственник по словообразовательной модели.

Вторая, менее вероятная гипотеза, связывает фамилию с румынским или молдавским влиянием. В молдавском языке есть слово «călănțur» (диалектное, от тюркского «калан» — налог, подать). Тогда прозвище могло означать сборщика податей или человека, имевшего дело с оброком. Однако эта версия слабее: во-первых, фамилия не характерна для Бессарабии, во-вторых, звучание «каланцур» в русском говоре проще объяснить именно через диалектное прозвище.

География фамилии сегодня размыта, но чаще всего Каланцуры встречаются в Запорожской, Харьковской и Ростовской областях — то есть на территории бывшего Дикого поля и казачьих земель. Это косвенно подтверждает версию о прозвище, закрепившемся без суффикса в среде вольных поселенцев. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей: фамилии без форманта редко встречались у дворян или духовенства.

Если искать аналоги в других фамилиях, то Каланцур стоит в одном ряду с Каланча, Калантар, Калашник — все они образованы от прозвищ, связанных с внешностью или ремеслом. Но Каланцур выделяется редким окончанием «-цур», которое придаёт фамилии характерную «западную» окраску, напоминающую фамилии вроде Цуркан или Цурко.