Фамилия Калиначенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой массовой в этой славянской традиции. Суффикс -енко (в русском написании иногда -енко) исторически означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть Калиначенко — это буквально «маленький Калина» или «сын Калины». Такая модель стала особенно популярной в Поднепровье, на Левобережной Украине и в Слобожанщине в XVI–XVII веках, когда фамилии на -енко вытесняли более старые формы на -ович/-евич. Сегодня Калиначенко — одна из многих фамилий, образованных от имени или прозвища Калина.

Основа фамилии — Калина. В ономастике здесь возможны два основных толкования, и оба правдоподобны. Первое: от народной формы крестильного имени Каллиник (греч. «добрый победитель»). В украинской и белорусской среде имя часто сокращали до Калина, отбрасывая концовку. Второе: от прозвища по названию растения — калины. Калина в славянском фольклоре — символ девичьей красоты, любви и неразрывной связи с родиной, но прозвище могло получить человек с румяным лицом (как ягоды калины), либо тот, кто жил в калиновых зарослях, либо, по народным поверьям, знахарь, использовавший калину в обрядах. Прямая связь с ягодой кажется более живой и конкретной для прозвища, чем книжное имя.

Географически фамилия Калиначенко, как и все производные от Калина, чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, в частности в Черкасской, Полтавской, Киевской, а также на юге России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется у дворян или духовенства — это типичная казацкая и крестьянская фамилия. В списках Войска Запорожского встречаются Калины, Калиненко, Калиновичи, а Калиначенко — более поздняя форма, закрепившаяся в XIX веке, когда суффикс -енко стал уже не столько указанием на родство, сколько стандартным фамильным окончанием.

Интересная деталь: при всей кажущейся прозрачности, фамилия Калиначенко не имеет отношения к слову «калина» в значении «кустарник» в тех случаях, когда её исходная форма — Калина от имени Каллиник. Спор между «растительной» и «именной» версиями решается просто: если в роду сохранилось предание, что предка звали Калиной, а не Каллиником, или если в документах встречается прозвище Калина (например, у казаков), то правомерна версия с ягодой. Если же таких свидетельств нет, более корректно считать основой каноническое имя — в украинской ономастике это самый частый случай.