Фамилия Калиночкина — женская форма, мужской вариант — Калиночкин. Она образована от имени, прозвища или названия профессии с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Калиночкин, то есть сын или потомок Калиночки. Сама же основа фамилии — слово «калин(а)» — нередко становилась источником для прозвищ и мирских имён на Руси.

Самая вероятная версия происхождения связана с растением калиной. В дохристианской традиции у славян были распространены «растительные» имена-обереги: Калина, Малина, Вишня. Имя Калина давали ребёнку, чтобы он рос красивым, румяным, как ягода, или же для защиты от злых сил — считалось, что имя, взятое от природы, отводит сглаз. Уменьшительная форма Калиночка, от которой и пошла фамилия, звучит ласково и могла быть домашним именем или прозвищем.

Второй, менее распространённый вариант — прозвище Калиночка могли дать человеку с румяным, «калиновым» лицом или, наоборот, смуглому, похожему на ягоду цветом кожи. В народе калину ассоциировали и с красным цветом, и с горечью (вспомним поговорку «калина — малина»), но в основе фамилии, скорее всего, лежит нейтральное или положительное значение.

Географически фамилия Калиночкина встречается нечасто, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. Она могла возникнуть в центральных и южных регионах России, где калина растёт повсеместно. В отличие от широко распространённых Калининых (от имени Калина) или Калиновских (от топонима), форма с суффиксом -очк- — редкая, уменьшительно-ласкательная. Это делает фамилию уникальной: она сохранила не просто основу, а именно ту форму, которой в быту называли одного конкретного человека — Калиночку.