Фамилия Калиночкины, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я. В основе здесь лежит форма Калиночка. Эта форма, в свою очередь, — уменьшительно-ласкательный вариант крестильного имени Каллиник.

Имя Каллиник пришло на Русь из Византии вместе с христианством. В переводе с греческого оно означает «добрая победа» (kallos — «красота», nike — «победа»). В русском языке оно быстро обрастало народными вариантами: Каленик, Калина, Калинка. Форма Калиночка — одна из самых ласковых, домашних. Фамилия Калиночкин, по основной версии, означает «сын (или потомок) Калиночки» — человека, которого в семье или в деревне ласково звали полным именем, а не грубоватым Калиной.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию не с именем, а с растением. Прозвище Калиночка могли дать человеку, жившему у калинового куста. В славянской традиции калина — символ девичьей красоты, любви и чистоты. Однако для прозвища форма Калиночка слишком ласкательна: мужчину обычно называли Калина, а Калиночкой скорее могли звать девушку или ребенка. Поэтому версия происхождения от имени Каллиник выглядит убедительнее.

Фамилия Калиночкины — редкий случай, когда в основе лежит не обычное имя Калина, а его уменьшительная форма. Это говорит о том, что предок носителей фамилии был, вероятно, младшим в семье или его так ласково называли в быту.