Фамилия Калиногорский — яркий пример «географической» модели, по которой в XIX веке, особенно в духовном сословии, давали фамилии выпускникам семинарий. Её основа — топоним, то есть название места, откуда происходил родоначальник или где он жил. В данном случае это, скорее всего, не существующий ныне или малоизвестный населённый пункт с корнем «Калин-» — например, Калинова Гора, Калиновка или село Калиново. Модель на «-горский» прямо указывает на связь с возвышенностью: «Калиногорский» — это человек с Калиновой горы.

Вторая, менее распространённая версия отталкивается от прозвища. Калина на Руси — не только кустарник, но и устойчивый образ: «калина» могла означать что-то красное, жгучее или, в переносном смысле, «красную девицу» (калина — символ девичьей красоты). Прозвище Калина давали либо человеку с румяным лицом, либо, иронично, слишком застенчивому парню. От такого прозвища при помощи суффикса -гор- (редкий, почти уникальный для русских фамилий) и типичного семинарского окончания -ский и могла возникнуть фамилия. Но эта версия слабее: суффикс -гор- в русской антропонимии почти всегда указывает на гору, а не на личное качество.

Сама конструкция — корень «калин» + интерфикс «о» + «гор» + суффикс «ск» — типична для искусственных, книжных фамилий, которые создавались в духовных академиях и семинариях. Священники нередко «переводили» свои мирские прозвища на церковнославянский лад или придумывали фамилии по названию прихода. Так, если храм стоял на Калиновой горе, его служители автоматически становились Калиногорскими.

Найти носителей этой фамилии в дореволюционных метриках проще всего в центральных и южных губерниях России, где распространены топонимы с корнем «калин-»: Тульская, Орловская, Курская, Воронежская области. Сословно это почти наверняка потомки духовенства — поповичи, а не дворяне или крестьяне. Дворянские гербы под фамилией Калиногорский не зафиксированы, а крестьянские фамилии на -ский в чистом виде — редкость: обычно их «упрощали» до Калиногоров или Калининых.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что в ней соединились два полнозначных корня — «калин» и «гор» — через соединительную гласную «о». Это делает её непохожей на массовые фамилии вроде Калинин (от имени Калина) или Калиновский (от села Калиново). Калиногорский буквально «привязан» к горе, и это сразу сужает круг возможных версий происхождения до одного-двух конкретных сёл.