Фамилия Калненек — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив иноязычную огласовку. В основе лежит литовское слово kalnas — «гора», а суффикс -ек указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму. Буквально Калненек — это «маленькая гора», «горка» или «холмик». Такое прозвище могли дать человеку невысокого роста, коренастому, либо тому, кто жил на возвышенности.

География фамилии подсказывает её происхождение. Фамилия явно балтского корня и встречается в основном на северо-западе России, в Псковской, Новгородской областях, а также в Литве и Латвии. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и мещанами. Обратите внимание на окончание: в русской традиции такую фамилию не склоняли бы по падежам, оставляя в исходной форме, что тоже говорит о её позднем закреплении и сохранении чужого грамматического строя.

Интересно, что фамилия Калненек не имеет аналогов с русскими суффиксами -ов или -ин. Это говорит о том, что её носители либо долго сохраняли национальную идентичность, либо фамилия была записана со слов самих переселенцев и не подверглась русификации. Встречаются варианты написания Калненик, Калнанек, но исходная форма — именно Калненек. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия остаётся крайне редкой, что делает её своеобразным маркером балтского происхождения семьи.