Фамилия Калнина — пример распространённой балтийской модели, где окончание -а указывает на женскую линию (дочь или жена Калнина). Мужской вариант — Калнин. В основе лежит балтийская географическая лексика: литовское kalninis («горный») или латышское kalniene («нагорье»). Прозвище Калнин давали человеку, жившему на возвышенности, у горного хребта или в холмистой местности — то есть по характерному признаку места, а не по роду занятий.

Фамилия Калниных встречается в документах, связанных с переселением латышей в Сибирь. В Книге памяти Красноярского края упомянут латыш Август Марцевич Калнин, родившийся в 1893 году в Витебской губернии. Там же есть сведения о крестьянине Августе Яновиче Калнине. Эти записи отражают одну из волн миграции балтийских крестьян в конце XIX — начале XX века.

Модель фамилии типична для тех регионов Балтии, где фамилии на -ин (-iņš в латышском варианте) образуются от основ, описывающих ландшафт. В русском контексте суффикс -ин закрепился как стандартный патронимический, хотя по происхождению Калнин — не отчество, а прозвище по местности. Однокоренные фамилии — Калниньш (латышский вариант), Калнинский (полонизированная или русифицированная форма).

Окончательно установить точное место и время возникновения рода Калниных можно только по генеалогическим документам конкретной семьи. Однако ясно, что фамилия не аристократическая, а крестьянская или мещанская, связанная с балтийским крестьянством, которое активно переселялось в Сибирь и центральные губернии России в XIX веке.