Фамилия Кальнина — довольно редкий случай в русской ономастике. С первого взгляда её можно принять за женскую форму от фамилии Кальнин, но в действительности это самостоятельная фамилия с мужским окончанием -а. Такое окончание характерно для украинских, белорусских и некоторых южнорусских фамилий, а также для фамилий, образованных от прозвищ в форме прилагательного женского рода.

Корень «Кальн-» восходит к слову «кальний» — то есть «грязный», «болотистый», «топкий». В русских говорах «каль» или «калье» означало грязь, слякоть, болото. Соответственно, Кальнина — это фамилия, образованная от прозвища Кальня (или Кальна) — человека, который жил на болотистой почве, пачкался в грязи, а возможно, и работал с глиной (каль — также глина в некоторых диалектах). Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Кальнина, то есть сын или потомок Кальни.

Версия о связи с именем Калина (калина — ягода) маловероятна: написание через «а» (Калинина) встречается часто, а форма «Кальнина» с мягким знаком и буквой «ь» указывает именно на грязевую, а не растительную основу. Сравните: фамилии Кальнов, Кальнев, Кальный — все они имеют ту же семантику.

Географически фамилия Кальнина тяготеет к западнорусским и украинским регионам, где слово «каль» было в ходу. Встречается она в Псковской, Смоленской, Брянской областях, а также на востоке Беларуси. Социальный состав носителей в XIX веке — в основном крестьяне и мещане; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, если ваша фамилия Кальнина, ваши предки, скорее всего, получили прозвище по месту жительства — у болота или на топкой земле. Фамилия сохранила диалектное слово, которое сегодня почти вышло из обихода, и в этом её ценность как языкового памятника.