Фамилия Кальниченко образована по типичной для украинской ономастики модели: к основе прозвища Кальник добавили суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок». То есть Кальниченко — буквально «сын Кальника». Суффикс -енко закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине, поэтому географически фамилия скорее всего родом из этих земель.

Сам корень — прозвище Кальник — не имеет единственного толкования. По одной версии, оно связано с украинским словом «кальник» — «лепёшка». В этом случае Кальником могли прозвать любителя выпечки либо человека круглого, полнолицего. Другая версия отсылает к растению, которое тоже называют кальником: оно из семейства колокольчиковых, растёт в лесах, а его корень употребляли в пищу. Прозвище могло закрепиться за тем, кто собирал или продавал такой корень.

Третья, не менее вероятная версия, ведёт к славянскому корню «кальн-» со значением «грязь». Украинское «кальний» означает «грязный». Тогда Кальник — прозвище по роду занятий: землекоп, истопник, трубочист — любая «грязная» работа. Либо так называли неопрятного человека.

Какая из версий правдоподобнее? Суффикс -енко указывает на широкое бытование фамилии среди крестьян и казаков, а не знати. Для этих сословий прозвища по ремеслу или внешности — обычное дело. Версия с «грязной» работой хорошо вписывается в социальный контекст: землекопы и трубочисты были распространёнными профессиями, и прозвище могло легко перейти в фамилию. Версия с лепёшкой тоже возможна, но менее типична для устойчивых прозвищ.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -енко не указывают на принадлежность помещику или боярину. Кальниченко — фамилия свободных людей: казаков, мещан, крестьян. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировали как наследственные, и прозвище Кальник со временем полностью вытеснило личное имя в быту и официальных бумагах.