Фамилия Калтушкина образована от прозвища или мирского имени Калтушка, а оно, в свою очередь, — от слова «калтус». Это диалектное слово, распространённое в северных и сибирских говорах, означает «топкое болото, трясина, зыбкое место, поросшее мхом». Человек мог получить такое прозвище по месту жительства — за деревней у Калтуса или на самом Калтусе, то есть на болотистой, сырой низине. В старину такие названия были обычны: деревни часто называли по урочищу, а жителей — по деревне.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с другим значением слова «калтус» — «глупый, бестолковый человек» (в некоторых говорах). Однако для фамилий, особенно крестьянских, топографическая основа (связь с местностью) встречается гораздо чаще, чем прямая характеристика ума. Поэтому первая версия — про болото — выглядит убедительнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калтушкин — «сын Калтушки» или «человек из семьи Калтушки». Форма Калтушкина — женская, но в быту её часто воспринимают как исходную. В мужском роде фамилия звучит как Калтушкин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

По сословному происхождению Калтушкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных губерний России — Архангельской, Вологодской, Вятской, а также из Сибири, куда переселенцы принесли северные говоры. Фамилия редкая, с яркой диалектной окраской. Её носительница может быть уверена: предки жили в краю лесов и болот, и фамилия — точная географическая примета их родного угла.