Фамилия Калуганов образована от прозвища или нецерковного имени Калуган, а то, в свою очередь, — от названия города Калуга. Связь не прямая, а через прозвище, которое давали выходцу из этого города: «калужанин», «калуга» в старых говорах. Суффикс -ан- в основе (Калуг-ан) типичен для обозначения человека по месту жительства (ср. Рязань — рязанец, но в прозвищной форме Рязан, отсюда Рязанов). Таким образом, Калуган — это «калужанин», «пришлый из Калуги».

Притяжательный суффикс -ов в финале фамилии указывает на принадлежность: «сын Калугана», «из рода Калугана». Модель образования стандартная для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца закреплялось за потомками. В отличие от фамилий на -ский (Калужский, Калугин), которые могли указывать на владение землёй или более книжное происхождение, Калуганов — типично «прозвищная», патронимическая фамилия, характерная для крестьян и посадских людей.

Географически фамилия встречается не только в центральной России, но и на юге, в казачьих областях, что неудивительно: переселенцы из Калужской губернии активно осваивали южные рубежи. Встречается и вариант Калугин — более поздний, с другим суффиксом, но с той же основой. Калуганов же сохранил более архаичную форму, где «калуга» выступает не просто топонимом, а прозвищным именем человека.