Фамилия Калюпанов — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью стёрлось из языка, а сама фамилия сохранила редкую словообразовательную модель. В ней выделяется суффикс -анов, который, в отличие от массовых -ов/-ев, встречается реже и часто указывает на происхождение от прозвища на -ан (Калюпан) или на стяжение из более длинной формы. Корень «калюп-» — неканонический, не книжный, и его происхождение стоит искать в диалектах.

Самая вероятная версия связывает «калюп» с глаголом «калюпать» или «каляпать» — в русских говорах это означало «делать небрежно, мазать, пачкать», а также «говорить невнятно, бормотать». Прозвище Калюпан могли дать неаккуратному, нерадивому человеку, который работал кое-как, или, напротив, тому, кто неразборчиво говорил. Возможна и вторая, более узкая версия: в некоторых областях «калюпа» — это плохо сделанная, неуклюжая вещь, так что прозвище могло закрепиться за мастером-неумехой.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими корнями, где «калюп» могло быть искажённым личным именем или прозвищем, но убедительных параллелей в ономастических источниках нет. Фамилия явно недворянская, крестьянская или мещанская, и её география — типично русские регионы с акающими говорами (Поволжье, центральные области), где «калюпать» могло звучать как «калёпать».

Встречаются варианты написания: Калюпанов и реже Калюпанов (с ударением на второй слог). Фамилия редкая, её носители не попали в исторические хроники, но она сохранила в себе живую деталь бытовой речи — слово, которое сегодня почти не услышишь, но которое точно описывало человека триста лет назад.