Фамилия Колюпанов — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — Колюпан, и корень у неё тот же, что у глагола «колупать»: ковырять, отдирать, крошить. В быту такое прозвище могли дать человеку, который ел неаккуратно, крошил хлеб, ковырялся в тарелке — то есть делал то, что называли «колупать еду». Но это не единственная версия.

В диалектах встречается слово «колупа» — так говорили о хмуром, вялом, медлительном человеке. Если принять эту версию, прозвище Колюпан указывало на характер: нерасторопный, угрюмый, себе на уме. Оба толкования возможны, и какое из них сработало в конкретном роду — теперь не установить.

С точки зрения словообразования фамилия типична для центральной России: суффикс -ов присоединился к прозвищу на -ан, что характерно для многих русских фамилий (ср. Гуляев — от Гуляй, Рыжанов — от Рыжан). Форма Колюпанов закрепилась как отчество: «чей?» — Колюпанов, то есть сын Колюпана.

Фамилия редкая, в списках массовых не числится. Встречается в основном в Поволжье и на Урале — возможно, первоначальное прозвище бытовало именно в тех краях, где «колупать» и «колупа» были в ходу. Писали её всегда через «ю» — это важно: вариант с «у» (Колупанов) тоже существует, но это уже другая фамилия, хоть и близкая по смыслу.