Фамилия Колупанова образована от прозвища Колупан. Основа здесь — глагол «колупать», то есть «ковырять, крошить, отдирать». В народной речи это слово чаще всего относили к неаккуратной еде: так могли прозвать человека, который ковыряется в тарелке, крошит хлеб или ест неопрятно. Прозвище закреплялось за тем, чья манера поведения бросалась в глаза окружающим.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование. В некоторых говорах «колупа» означало «хмурый, вялый человек». Если принять эту гипотезу, то прозвище Колупан характеризовало не манеру есть, а характер — медлительного или угрюмого человека. Оба толкования укладываются в логику русских прозвищ, которые часто давались по внешним или поведенческим чертам.

Словообразовательная модель фамилии — типичная для русского Севера и центральных областей. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Колупанова — «дочь (или жена) Колупана». В мужском варианте фамилия звучала бы как Колупанов. Само прозвище Колупан образовано с помощью суффикса -ан-, который в русской ономастике часто придаёт слову оттенок просторечия или пренебрежения (сравните: «грызть» — «грызун», «толкать» — «толкан»). То есть прозвище звучало не как нейтральное, а как бытовая характеристика.

С географией фамилии всё не так однозначно. В открытых источниках фамилия Колупанов (и женская форма Колупанова) встречается в основном в Поволжье и на Урале. Это косвенно подтверждает связь с северорусскими говорами, где глагол «колупать» был в ходу. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, крестьянская или мещанская — прозвища такого типа редко давали дворянам.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Колупаев, Колупанов, Колупалкин — то Колупанова стоит особняком из-за суффикса -ан-, который встречается реже, чем -аев или -ов. Это делает фамилию менее типичной, но оттого и более интересной для этимолога.

Итог простой: предок нынешних Колупановых получил прозвище за то, что либо ковырял еду, либо был человеком медлительным и хмурым. Оба варианта правдоподобны, но первый (от «колупать» в прямом смысле) встречается в источниках чаще и объясняет прозвище нагляднее.