Фамилия Колупанин — редкий пример, где основа прозвища почти полностью вытеснила в сознании исходное значение, оставив лишь намёк на грубоватый, но бытовой смысл. Вопреки интуиции, корень здесь не связан с современным глаголом «колупать» (ковырять), хотя в народной этимологии их постоянно путают. На самом деле в основе лежит древнерусское слово «колупан» — так в северных говорах (архангельских, вологодских) называли неуклюжего, мешковатого человека, увальня. Прозвище давали тому, кто двигается медленно, словно «колупается» — но не в смысле копания, а в значении «колыхается», «переваливается».

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: прозвище Колупан + патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Колупана). То есть Колупанины — это потомки человека по прозвищу Колупан. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я, и широко распространён на севере и в центральной России, в отличие от южного -ов/-ев.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Вятке. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем — например, в Устюжском уезде. Сословно Колупанины почти всегда были крестьянами или ремесленниками, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Любопытная деталь: в некоторых говорах слово «колупан» имело и второе, более конкретное значение — «плохой работник», «лентяй». Но вряд ли стоит воспринимать это как прямое оскорбление предка. Прозвища на Руси часто давались «от противного» или по случайной внешней черте — человек мог быть просто крупным и медлительным, и это закрепилось в фамилии на века.