Фамилия Колупанкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным, не слишком изящным действием. В её основе лежит глагол «колупать» — то есть ковырять, отдирать, отковыривать что-то мелкое. В русских говорах это слово имело и переносное значение: «колупа» или «колупан» — человек медлительный, копающийся, делающий всё с трудом и без размаха, либо, наоборот, назойливый, «приставучий», как заноза. Прозвище Колупан давали не столько за ремесло, сколько за характер или манеру поведения.

Модель образования проста и типична для центральной России: основа «Колупан» плюс патронимический суффикс «-кин». В русской антропонимии суффикс «-ин» (а после заднеязычных и шипящих — «-кин») присоединялся к основам, оканчивающимся на -а, -я. Колупанкин буквально означает «сын Колупана» или «потомок того, кого звали Колупаном». Если бы прозвище звучало как Колупанко, фамилия могла бы стать Колупанков, но форма на «-а» дала именно «-кин».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где глагол «колупать» был особенно употребителен. Встречается она нечасто, в основном в среде бывшего крестьянства — в дворянских родословных книгах такая основа не фиксируется. Примечательно, что в некоторых говорах «колупаном» называли не только человека, но и инструмент — например, тупой нож или кочергу, которой «колупают» золу в печи. Не исключено, что прозвище могло закрепиться за печником или истопником, но всё же психологическая характеристика выглядит более вероятной.

Любопытно сравнение с однокоренными фамилиями. Колупаев, Колупанов, Колупай — все они от того же корня, но различаются суффиксами, указывающими на разные диалектные формы прозвища. Колупанкин стоит особняком: суффикс «-ан» в основе (Колупан) придаёт прозвищу оттенок просторечной ласкательности или, напротив, уничижительности — так в деревне могли назвать нерасторопного парня или ребёнка, который вечно копается. В отличие от фамилий на «-ов», которые в этой группе встречаются чаще, «-кин» указывает на более позднюю фиксацию или на конкретный говор, где форма имени на «-а» была нормой.

Таким образом, Колупанкин — фамилия-характеристика, без намёка на благородное происхождение, но с чётким бытовым корнем. Предок носителя такой фамилии, скорее всего, был простым крестьянином, получившим прозвище за медлительность или за привычку «колупаться» в прямом или переносном смысле.