Фамилия Колюпанова (мужская форма — Колюпанов) хранит в себе память о прозвище предка — Колюпан. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит глагол «колупать» — то есть ковырять, крошить, отдирать. В народе такое прозвище могли дать человеку, который неаккуратно ел, крошил хлеб или ковырял еду. По другой версии, прозвище связано с нарицательным «колупа» — так в некоторых говорах называли хмурого, вялого человека. В этом случае прозвище указывало на особенности характера: медлительность или угрюмость.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели — с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Колюпана». Встречается она в двух вариантах написания — через «о» (Колюпанов) и реже через «а» (Калюпанов), что связано с особенностями произношения в разных говорах. Интересно, что в некоторых регионах фамилию могли записать как Колупанов — с утратой мягкости согласного, но исходная форма «Колюпан» сохраняет более древнее звучание.

Само слово «колупать» — из разряда экспрессивной лексики: в русских говорах у него были и переносные значения, например, «делать медленно, копаться». Так что прозвище Колюпан могло закрепиться и за нерасторопным работником. В любом случае, фамилия относится к группе «бытовых» прозвищ, которые давались не по роду занятий, а по наблюдению за поведением или характером человека. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская — такие прозвищные фамилии были распространены во всех сословиях, кроме высшей аристократии, но особенно часто встречались среди крестьян Центральной России и Поволжья.