Фамилия Камоэн — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования от крестильных имён, профессий или прозвищ. С высокой вероятностью, это не исконно русская, а заимствованная фамилия, адаптированная к русскому звучанию и письму.

Словообразовательный анализ не даёт однозначного ответа, если рассматривать фамилию как славянскую. Суффикс -эн нетипичен для русских фамилий: гораздо чаще встречаются -ов, -ев, -ин, -ский. Форма Камоэн скорее напоминает фамилии, пришедшие из языков, где финаль -эн распространена, — например, из тюркских или западноевропейских. В тюркских языках основа «кам» может означать «шаман», «колдун» или «волшебник» (отсюда древнетюркское *kam — «шаман»). Тогда Камоэн могло быть прозвищем человека, связанного с магическими практиками, знахарством, или же родовым именем, указывающим на происхождение от такого лица.

Другая версия — португальское происхождение. Фамилия Камоэн (Camões) известна прежде всего по великому поэту Луишу де Камоэнсу, автору «Лузиад». В этом случае носитель фамилии — потомок португальских выходцев, возможно, переселившихся в Россию через торговые или дипломатические связи в XVII–XIX веках. В русской записи ударение могло сместиться, а окончание упроститься до -эн.

Географически фамилия Камоэн в России встречается крайне редко, в основном в крупных городах, что подтверждает её недавнее появление и нерусские корни. В архивах XVII–XIX веков она не фиксируется среди крестьянских или купеческих родов центральной России. Сословная принадлежность предков, вероятнее всего, была связана с городскими слоями — мещанами, купцами, интеллигенцией, если это португальская ветвь, или с южными окраинами империи, если это тюркская основа.

Спор между двумя версиями решается в пользу португальской: слишком уж точное совпадение с мировой фамилией Camões, и слишком нетипична для русской ономастики финаль -эн. Тюркская гипотеза, хоть и возможна, менее убедительна из-за того, что в тюркских языках такие фамилии обычно оформляются иначе (например, Камов, Камаев). Таким образом, Камоэн — фамилия-исключение, скорее всего, принесённая в Россию извне и сохранившая своё иноязычное лицо.