Фамилия Канамготова — редкий случай, когда географический ключ лежит почти на поверхности. Её основа, судя по всему, связана с топонимом Канамгот — названием населённого пункта. Такое имя могло принадлежать селу или хутору на Северном Кавказе, особенно в Дагестане или Чечне, где формант -гот встречается в местных названиях (ср. Ботлих, Анди, Годобери). Суффикс -ов- типичен для русской фамильной модели, но сама основа не славянская. Скорее всего, фамилию получили выходцы из этого села при переселении или при документальном оформлении в XIX–XX веках: крестьянам или горцам, переходившим в русское подданство, часто записывали фамилию по месту рождения.

Разобрать корень точнее сложно. Элемент «канам» может восходить к тюркскому или кавказскому слову (ср. тюрк. «кан» — кровь, или «кана» — мать, но это лишь догадки). Формант «гот» в местных языках иногда означает «селение» или «дом» (например, в аварском «гьот» — двор). Если так, то Канамгот — буквально «селение Канама» или «двор Канама», где Канам — личное имя или прозвище. В таком случае фамилия Канамготова — это указание на родовое гнездо.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия не вписывается в привычные схемы на -ин или -ский. Суффикс -ов- добавлен прямо к топониму, что встречается у фамилий, образованных от названий небольших сёл (ср. Ботлихов, Андиев). Вторая часть — окончание -а, указывающее на женскую форму. Фамилия склоняется как типичная русская: Канамготова, Канамготовой, Канамготову.

Сведений о сословной принадлежности нет. Можно предположить, что носители фамилии — потомки горцев или крестьян, получивших фамилию при переписях или при оформлении паспортов в советское время. Встречаемость фамилии крайне низкая — она практически не фиксируется в открытых базах данных за пределами отдельных регионов Северного Кавказа. Это делает её не просто редкой, а почти уникальной, что само по себе ценно: носителю фамилии Канамготова легко восстановить свою родословную, отталкиваясь от конкретного топонима.