Фамилия Канайкин имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Канайкин уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Канайкин являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Канайкин восходит к топониму Канайка. Канайка — это название села в Уланском районе (Казахстан). Вероятно, основатель рода Канайкиных был уроженцем этого населенного пункта. Существует несколько версий происхождения названия села. По одной из них, она ведет свое начало от тюркского слова kan – «кровь». Согласно другой версии, название Канайка связано с чечено-ингушским словом «кана», которое переводится на русский язык как «горсть, пригоршня». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Канайкин способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Канайкин представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.