Фамилия Канайкин образована не от личного имени или прозвища, а от географического названия — села Канайка. Этот топоним и стал основой для фамилии, что указывает на возможное происхождение предка: скорее всего, первый носитель фамилии был уроженцем именно этого села или имел с ним прочную связь. Такая модель — когда фамилия давалась по месту жительства или выхода — типична для русской ономастики, особенно в среде крестьян и однодворцев, где «прозвания» часто привязывали человека к конкретной местности.

Село Канайка находится в Уланском районе на территории современного Казахстана. Само название села имеет неоднозначную этимологию. По одной из версий, в его основе лежит тюркское слово «кан» — «кровь». Это могло быть связано с каким-либо историческим событием или природным признаком (например, красноватый оттенок почвы или воды). По другой версии, название восходит к чечено-ингушскому слову «кана» — «горсть, пригоршня». Такое толкование возможно, если село располагалось в небольшой котловине или у слияния рек, напоминая формой пригоршню. Обе версии имеют право на существование, но первая — тюркская — выглядит более вероятной, учитывая географическое положение региона и исторические миграции тюркских народов.

Фамилия Канайкин образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Суффикс указывает на родство или отношение: Канайкин буквально означает «сын человека из Канайки» или «выходец из Канайки». Такой способ словообразования встречается у фамилий, произошедших от названий сел и городов на -а, -я (сравните: Казанкин — из Казанки, Смоленкин — из Смоленки). Таким образом, фамилия Канайкин — это редкий случай «топонимической» фамилии, где основой стало не имя, а название конкретного населенного пункта, что делает её особенно интересной для историков и краеведов.