Фамилия Кабайкин — редкий пример, где за основу взято не русское, а тюркское слово. Её образовали от прозвища Кабайка, а то, в свою очередь, от «кабай» — в алтайских говорах так называли колыбель. Строение фамилии простое: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кабайкин — «сын Кабайки» или «человек из рода Кабайки».

Прозвище Кабайка могли дать по-разному. Самая прямая версия — спокойному, сонному ребёнку, которому много пели колыбельных («кабай кожон»). Но у слова «кабай» в тюркской культуре был и второй, мрачный смысл: так же называли могильную яму. «Кижинип кабайы» — «колыбель человека» — говорили алтайцы о погребальном ложе. Эта двойственность наводит на мысль, что прозвище могло быть оберегом.

У многих народов существовал обычай давать детям «защитные» имена со значением, противоположным желаемому. Чтобы отвести от младенца злых духов и не искушать судьбу, его нарекали не Красавцем или Здоровяком, а чем-то нейтральным или даже пугающим. Надеясь вырастить крепкого и красивого сына, родители могли назвать его Кабайкой — словом, связанным с колыбелью и одновременно с последним пристанищем, как бы пряча ребёнка от беды. Так прозвище, данное из суеверия, закрепилось в роду и спустя поколения превратилось в фамилию Кабайкин.