Фамилия Кабалкин образована от личного имени или прозвища Кабалка. В основе прозвища, скорее всего, лежит слово «каболка» — так называли простую пеньковую нить, из которой вили веревки, или распущенную старую смоленую веревку. Если придерживаться этой версии, предок носителя фамилии занимался плетением веревок или канатов — ремеслом, распространенным в крестьянской среде.

Менее вероятная, но тоже возможная версия связывает прозвище со словом «кабала». В древней и средневековой Руси кабалой называли долговое обязательство, которое ставило должника в личную или имущественную зависимость от заимодавца. В таком случае Кабалкой могли прозвать человека, находившегося в подобной зависимости, например, крепостного крестьянина. Однако эта гипотеза слабее: прозвища, образованные от конкретных занятий, встречаются в русских фамилиях гораздо чаще, чем прозвища, отражающие абстрактный социальный статус.

Модель образования фамилии проста и типична для русского Северо-Запада и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Кабалкин — «сын Кабалки», «потомок того, кого звали Кабалкой». Со временем прозвище закрепилось за родом как фамильное имя.

Однокоренные фамилии (Кабалов, Кабалин) встречаются редко, что делает Кабалкина более локальной и, возможно, связанной с одним географическим ареалом. В словарях русских фамилий эта фамилия не получила подробного разбора, но ее прозрачная основа позволяет уверенно говорить о ремесленном происхождении.