Фамилия Кабайкина — редкий пример, когда за основу фамилии взято не имя и не профессия, а предмет, имевший для предков сакральное значение. В основе лежит прозвище Кабайка, которое восходит к алтайскому слову «кабай» — «колыбель». В алтайских говорах это слово обозначало и детскую люльку, и, по некоторым данным, могильную яму: «кижинип кабайы» («колыбель человека») называли погребальное ложе.

Такая двойственность не случайна. В мировоззрении тюркских народов колыбель была не просто предметом мебели, а первым укромным миром младенца, символом закрытости, защищённости и благополучия. Судьбу ребёнка считали неразрывно связанной с его колыбелью — отсюда и мрачная параллель с последним пристанищем человека. Прозвище Кабайка, скорее всего, выполняло охранительную функцию. По древнему обычаю, чтобы отвести от ребёнка злые силы, ему давали имя или прозвище с противоположным значением: надеясь вырастить здорового и красивого мальчика, родители нарекали его Кабайкой, как бы пряча, укутывая в защитный смысл этого слова.

Впрочем, возможно и более прозаичное объяснение: Кабайкой могли прозвать спокойного, много спящего ребёнка, которому часто пели колыбельные («кабай кожон»).

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кабайка добавился суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Кабайки». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Каба́йкина. Это фамилия, которая почти не встречается за пределами Алтая и прилегающих регионов, что подтверждает её локальное происхождение от местных тюркских говоров.