Фамилия Каначкин образована от прозвища Каначка. Слово «каначка» в русских говорах имеет несколько значений, и каждое могло дать начало фамилии. Самое вероятное — это уменьшительное от «канак», что в диалектах значило «канава, ров, водосток». Человек мог получить прозвище Каначка, если жил у канавы, работал землекопом или занимался прокладкой канав. В некоторых регионах так называли и узкую длинную ложбину, и её обитателя.

Менее распространённая версия связывает прозвище с птицами: в ряде говоров каначкой называли канарейку. Прозвище могло закрепиться за певуном или человеком с яркой внешностью. Однако эта гипотеза слабее — фамилии от названий певчих птиц обычно образуются через суффикс -ов (Канарейкин, Щеглов), а суффикс -ка в основе «Каначка» типичен для прозвищ по занятию или месту.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каначкин — «сын Каначки». Модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища на -ка активно переходили в фамилии крестьян и посадских людей. Каначкины могли быть жителями центральной России или Поволжья, где слово «канака» фиксируется в диалектных словарях.

Встречается также написание Каначкин с двойным «н» (Каначкинн), но это редкий вариант, возникший, скорее всего, из-за ошибок переписчиков. В целом фамилия нечастая, но устойчивая — её носители живут в основном в Нижегородской, Владимирской и Кировской областях.