Фамилия Канайкина восходит к топониму Канайка. Канайка — это название села в Уланском районе (Казахстан). Вероятно, основатель рода Канайкиных был уроженцем этого населенного пункта. Существует несколько версий происхождения названия села. По одной из них, она ведет свое происхождение от тюркского слова kan – «кровь». Согласно другой версии, название Канайка связано с чечено-ингушским словом «кана», которое переводится на русский язык как «горсть, пригоршня». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Канайкиных можно лишь на основании генеалогических исследований.