Фамилия Канибетова образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?»). Основа здесь — мужская фамилия Канибетов, а та, в свою очередь, произошла от прозвища или неканонического имени Канибет. Главный вопрос — что скрывается за этим корнем, и ответ на него неочевиден.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них «кан» означает «кровь» или «хан», а «бет» (или «бит») — «лицо», «лик». Сочетание «кан бет» могло значить «кровавое лицо» — такое прозвище давали человеку с ярким румянцем, после боя или за суровый нрав. Менее вероятно, но возможно толкование как «ханское лицо» — прозвище для статного, важного человека. В пользу тюркского происхождения говорит характерное для фамилий этого ареала отсутствие типично русского суффикса прилагательного в основе: Канибет, а не Канибетин или Канибетский.

Встречается и другая, более редкая гипотеза: связь с диалектным словом «канитель» (тянуть волынку, медлить). Но она фонетически натянута — между «канитель» и «Канибет» слишком большое расстояние. Скорее всего, перед нами именно тюркское прозвище, которое закрепилось за родом в южных или восточных регионах России, где был силён контакт с тюркскими народами. Фамилия редкая, в списках массовых дворянских или купеческих родов она не встречается, что указывает на её происхождение в крестьянской или казачьей среде.