Фамилия Канибекова — женская форма мужской фамилии Канибеков. В основе лежит составное имя Канибек, которое образовано по тюркской модели из двух частей. Первая часть, «кани», восходит к арабскому слову «кани» (غني) — «богатый», «состоятельный», либо к тюркскому «кан» — «кровь», «род», «кровный родственник». Вторая часть, «бек», — это древний тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». Таким образом, имя Канибек могло означать «богатый господин» или «князь из знатного рода».

Фамилия заканчивается на суффикс -ов, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?»). Следовательно, Канибеков — это «сын Канибека», а Канибекова — «дочь Канибека» или его жена. Такая модель образования фамилий характерна для народов Поволжья, Северного Кавказа, Средней Азии и Казахстана, которые в ходе исторических контактов с русским государством адаптировали свои родовые имена к русской патронимической системе.

Географически фамилия Канибекова чаще всего встречается у народов, исповедующих ислам и говорящих на тюркских языках: у татар, башкир, казахов, кумыков, ногайцев. В России наибольшая концентрация носителей зафиксирована в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Астраханской областях. Вне России фамилия распространена в Казахстане и Кыргызстане.

Интересная особенность: в некоторых тюркских языках имя Канибек могло писаться и произноситься как Каныбек или Канибек, что отражает диалектные различия в огласовке. При переходе в русскую документацию (метрические книги, ревизские сказки) написание закрепилось через «и», хотя в устной речи у разных ветвей семьи могло звучать по-разному. Это делает фамилию маркером конкретного диалекта или даже региона, откуда вышли предки.

Сословный состав носителей фамилии был смешанным. В дореволюционной России Канибековы могли быть как представителями мусульманского духовенства или зажиточных торговцев (учитывая значение «богатый»), так и простыми крестьянами или казаками, особенно в Оренбургском казачьем войске, куда входили многие тюркские роды.