Фамилия Каниболотская — женская форма фамилии Каниболотский, и её происхождение напрямую связано с украинским или южнорусским прозвищем Каниболото. Разберём основу: «кани» в данном случае — не имя и не тюркское заимствование, а диалектный украинский глагол «канити» или «каняти», означающий «медлить, тянуть, канителиться» (ср. с русским «канитель» — затяжное, нудное дело). Вторая часть — «болото» — очевидна. Прозвище Каниболото давали человеку, который, по мнению окружающих, «тянул болото», то есть делал что-то бесконечно долго, вяз в работе, как в трясине, или же жил на болотистой местности и отличался медлительностью. Это не комплиментарное прозвище, а скорее бытовая насмешка, которая в XV–XVII веках легко закреплялась за человеком и переходила в фамилию.

Формант -ский/-ская указывает на то, что фамилия сформировалась в шляхетской или казацкой среде Речи Посполитой, а затем и Российской империи. Такие фамилии на -ский чаще всего носили дворяне, духовенство или зажиточные казаки, подчёркивая владение землёй (например, «из рода Каниболотских»). В отличие от простых крестьянских фамилий на -ов/-ев, этот суффикс придаёт фамилии оттенок территориальной или родовой принадлежности: Каниболотские могли быть владельцами урочища Каниболото или выходцами из одноимённого хутора.

Географически фамилия редкая, но её корни уходят на юг России и восток Украины — в Черниговскую, Полтавскую, Харьковскую губернии. Встречаются топонимы вроде балки Каниболотской или хутора Каниболото в бывшей Области Войска Донского. Это подтверждает, что прозвище могло превратиться в название населённого пункта, а уже от него — в фамилию.

Поскольку фамилия женская, её носительницы — потомки тех, кто носил фамилию Каниболотский. В современных источниках известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что говорит о её локальном, не аристократическом бытовании. Скорее всего, предки были казаками или однодворцами — людьми служилыми, но небогатыми, жившими на пограничье лесостепи и степи, где болота и медлительный темп жизни были частью местного колорита.