Фамилия Каниболоцкая — редкий пример, когда прозвище, а затем и фамилия, скорее всего, родились из народного, неофициального названия города. В основе лежит топоним Каныболот — так в просторечии называли город, который сейчас известен как Кропивницкий (историческое название — Елисаветград, а в советское время — Кировоград). Человек, которого прозвали Каниболоцким, вероятно, был выходцем из этих мест: суффикс -цк- как раз и указывает на связь с местностью («из Каныболота»).

Город возник в 1754 году как крепость Святой Елисаветы, форпост Российской империи для защиты Новороссии от набегов турок и крымских татар. Народная этимология переосмыслила официальное название в более понятное «Каныболото», а от него уже пошла фамилия. Словообразовательная модель здесь классическая для «географических» фамилий: топоним → прозвище жителя → фамилия с окончанием -ий/-ая.

Самый известный носитель фамилии — украинский футболист Антон Олегович Каниболоцкий, вратарь. В высшей лиге чемпионата Украины он дебютировал 23 ноября 2008 года в матче «Днепр» — «Таврия», а за молодежную сборную Украины (U-21) провёл 6 матчей. В его фамилии окончание мужского рода — -ий, тогда как Каниболоцкая — форма женского рода, которую носят женщины.

Фамилия эта довольно редкая и практически не встречается за пределами Украины и юга России. Она стоит в одном ряду с другими фамилиями, образованными от неофициальных названий населённых пунктов, — например, Запорожец или Полтавец, но с той разницей, что исходное имя города (Каныболот) не закрепилось на картах, а осталось лишь в народной речи и фамилиях.