Фамилия Калниболотский — редкий случай в русской ономастике, когда прозвище, образованное по географическому принципу, закрепилось в форме, указывающей на происхождение из конкретного места. В её основе лежит топоним Калниболото — так в старину называли болотистую местность с калом (грязью, топью). В говорах слово «кал» означало не только нечистоты, но и грязь, слякоть, жидкую болотную почву. Таким образом, Калниболотский — это человек, выходец из села, деревни или урочища Калниболото. Такие названия нередко давали поселениям, стоявшим на топких, непроходимых болотах.

Фамилия оформлена типичным для славянских фамилий суффиксом -ск(ий), который указывает на связь с местностью или владением. Первоначально такие фамилии получали дворяне по названию своих поместий, но со временем суффикс стал массово использоваться и для обозначения крестьян, переселившихся из определённой местности. В отличие от распространённой версии о еврейском происхождении фамилий-аббревиатур (как Кац от «коэн цэдэк»), Калниболотский имеет прозрачную славянскую этимологию. Никаких формантов вроде -зон, -ман или -швили в ней нет — это чисто географическое прозвище, записанное на русский лад.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и Украины, где болотистые низины и «калны» (грязные места) давали названия хуторам. Носитель фамилии — скорее всего, потомок крестьянина или казака из поселения с неблагозвучным, но точным названием Калниболото. Со временем прозвище закрепилось как фамильное, и суффикс -ский лишь подчеркнул связь с местом выхода, а не с сословием.