Фамилия Калниболоцкий — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Её основа — топоним Калниболото (или Кални-Болото), а суффикс -цкий указывает на происхождение из этого места. Такой тип фамилий (на -ский) в XVI–XVII веках был особенно характерен для польской шляхты, малороссийской казачьей старшины и православного духовенства. В данном случае речь, скорее всего, о выходцах из села Калниболото, которое существует и сегодня — это одно из сёл в Кировоградской области Украины (исторически — Елисаветградский уезд Херсонской губернии).

Разберём название. «Кални-» — диалектный вариант слова «калный», то есть «грязный», «топкий». «Болото» — без пояснений. Вместе Калниболото означает «грязное болото», «топь». Такие названия часто давали сёлам, возникшим у непроходимых, илистых болот. Человек, получивший фамилию по такому селу, мог быть либо его уроженцем, либо владельцем усадьбы или хутора с этим именем.

Интересна модель образования: Калниболоцкий, а не, скажем, Калниболотский. Чередование «т» на «ц» (болото → болоцкий) — фонетическое явление, характерное для украинского и белорусского произношения (сравните: «молоко» — «молоко» и «молошный»). Это ещё один аргумент в пользу южнорусского или украинского корня фамилии. В польском варианте фамилия звучала бы как Kałnibołocki, что тоже подтверждает восточнославянскую основу.

Встречается и вариант написания через «а» — Калниболотский, но именно форма с «ц» более старая и локальная. Фамилия не была широко распространена: в XIX веке её носители фиксируются в основном в Херсонской и Подольской губерниях, а также среди казаков Кубанского войска. Сословно это могли быть как крестьяне (по месту рождения), так и мелкопоместные дворяне или казаки (если фамилия закрепилась за хутором). Достоверных сведений о знаменитых носителях фамилии нет — она осталась локальной, не попала в столичные родословные книги.