Фамилия Каноева — редкий случай, где географический акцент важнее морфологического разбора. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или «й». Но корень здесь не русский, а тюркский или кавказский. Скорее всего, в основе лежит мужское имя Каной (или Канай), которое у народов Северного Кавказа и тюркских групп означает «кровный брат», «побратим» или «единокровный». В некоторых диалектах «кан» — это кровь, а «ой» — дом или род, то есть буквально «кровь рода». Фамилия Каноева — это женская форма, мужская будет Каноев.

Написание через «о» в первом слоге может сбивать с толку: иногда фамилию путают с более распространённой Канаевой (от имени Канай). Но в Каноевой ударение почти всегда падает на второй слог — Кано́ева, что подтверждает происхождение от полного имени Каной, а не от усечённой формы. Если бы основа была Канай, суффикс дал бы Канаев.

Регионально фамилия встречается в Дагестане, Чечне и среди осетин, реже — у татар и башкир. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении: многие горские фамилии получили русские суффиксы при паспортизации в советское время. До этого носители могли зваться просто по имени — Каной, а фамилией служило имя отца или название тейпа.

Примечательно, что у фамилии нет однозначного ремесленного или прозвищного толкования. В отличие от Кузнецова или Мельникова, здесь не спрятана профессия. Это чисто патронимическая фамилия: «чей?» — Каноев, то есть потомок Каноя. Никаких «каноев» как лодок в основе нет — это случайное созвучие, которое не имеет отношения к этимологии.