Фамилия Канотопский звучит как очевидный топонимический вариант — её носитель или его предок происходил из места с названием Канотоп или Канотопы. Однако загвоздка в том, что ни одного такого населённого пункта в современных атласах нет, и в исторических документах он не значится. Это заставляет искать другое объяснение: скорее всего, перед нами не географическая фамилия, а прозвищная, переосмысленная под влиянием модели на -ский.

Разберём основу. «Канотоп» в русских говорах — не зафиксированное слово, но его можно сопоставить с украинским «канотити» (канителить, медлить) или «канона» (церковное песнопение). Если корень связан с глаголом, то прозвище Канотоп мог получить медлительный, нерасторопный человек или тот, кто «топтался на месте», затягивал дело. Вторая версия — от «канон» + «топить»: возможно, прозвище дали человеку, который топил печь под чтение канонов, то есть причетнику или пономарю. Третья, самая прозаичная, — искажённое «конопля»: «конотоп» в южных говорах иногда означало место, где сеяли коноплю, а «Конотоп» — известный украинский город. Но здесь суффикс -ский указывает на дворянскую или польско-шляхетскую модель образования, а не на крестьянскую «конопляную» основу.

Суффикс -ский в русских фамилиях обычно маркирует либо географическое происхождение (дворяне по имению, мещане по городу), либо принадлежность к духовенству (семинарские фамилии). Канотопский — редкий случай, где топонимическая форма, скорее всего, искусственная. В XVIII–XIX веках семинаристы нередко получали фамилии по названиям церковных праздников, икон или по придуманным «благозвучным» топонимам. Канотопский могло возникнуть как «учёная» фамилия от греческого «канон» (правило, устав) — например, для сына регента или учителя церковного пения.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — западные и центральные регионы России, а также Беларусь. В польских метриках изредка попадается Kanotopski — это могла быть ополяченная форма украинской или белорусской фамилии. Единичные носители есть в Сибири, куда фамилия могла попасть с переселенцами или ссыльными. Известных исторических личностей с фамилией Канотопский не зафиксировано, что косвенно подтверждает её позднее, «кабинетное» происхождение.

Так что, если вы ищете связь с конкретным селом или городом, скорее всего, её нет. Фамилия Канотопский — это либо прозвище, переделанное в «благородный» формат, либо семинарская конструкция, за которой стоит церковная или бытовая профессия предка.